最近有很多小伙伴们想知道怎么查找基因的5'UTR、3'UTR、内含子和外显子。尤其是在看了往期稿子:荧光素酶报告(luciferase reporter)在microRNA研究中的应用
因为microRNA靶向的是基因的3'UTR,想做这个实验的问题就是不知道怎么找基因的3'UTR。
今天就带来保姆级的查找基因的5'UTR、3'UTR、内含子和外显子的方法教程,大家照着每步的箭头指示操作就行了。
(1)打开NCBI,将搜索内容选择为Gene,以人源的IL-10基因为例,输出IL-10 human,点search。
(2)搜索出来的第一条就是我们需要的人源的IL-10基因。点进去。
(3)点进去之后是这样,然后往下拉。
(4)找到右上角的tools。
(5)找到tools里面的“sequence text view”,点进去就能看到基因的所有序列信息了。
(6)搜索结果怎么看?
蓝色标记的是5'UTR或3'UTR。红色标记的是外显子,因为外显子要翻译成氨基酸,所以下面会给出对应的氨基酸序列。绿色标记的是内含子,内含子不翻译,所以下面没有氨基酸序列。这里标记的颜色是网站自动给出来的。如果页面上没有显示出来完整的5'UTR或3'UTR,可以点左上角的“Prev page”或“Next page”。
所以IL-10基因的3'UTR序列就是:
ACACATCAGGGGCTTGCTCTTGCAAAACCAAACCACAAGACAGACTTGCAAAAGAAGGC
因为3'UTR在基因末尾,所以要把进度条往下拉,就能看到了。如下图蓝色标记部分。
所以IL-10基因的5'UTR序列就是:
GACATCAGGGTGGCGACTCTATAGACTCTAGGACATAAATTAGAGGTCTCCAAAATCGGATCTGGGGCTCTGGGATAGCTGACCCAGCCCCTTGAGAAACCTTATTGTACCTCTCTTATAGAATATTTATTACCTCTGATACCTCAACCCCCATTTCTATTTATTTACTGAGCTTCTCTGTGAACGATTTAGAAAGAAGCCCAATATTATAATTTTTTTCAATATTTATTATTTTCACCTGTTTTTAAGCTGTTTCCATAGGGTGACACACTATGGTATTTGAGTGTTTTAAGATAAATTATAAGTTACATAAGGGAGGAAAAAAAATGTTCTTTGGGGAGCCAACAGAAGCTTCCATTCCAAGCCTGACCACGCTTTCTAGCTGTTGAGCTGTTTTCCCTGACCTCCCTCTAATTTATCTTGTCTCTGGGCTTGGGGCTTCCTAACTGCTACAAATACTCTTAGGAAGAGAAACCAGGGAGCCCCTTTGATGATTAATTCACCTTCCAGTGTCTCGGAGGGATTCCCCTAACCTCATTCCCCAACCACTTCATTCTTGAAAGCTGTGGCCAGCTTGTTATTTATAACAACCTAAATTTGGTTCTAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCCTAACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGATGGAAGTTGCAGTGAGCTGATATCATGCCCCTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAATAAAAATAAAAATAAATTTGGTTCTAATAGAACTCAGTTTTAACTAGAATTTATTCAATTCCTCTGGGAATGTTACATTGTTTGTCTGTCTTCATAGCAGATTTTAATTTTGAATAAATAA ATGTATCTTATTCACATCA
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